與外國海關(guān)法和國內(nèi)其他部門法相比，我國海關(guān)法律制度獨具特色，有一些制度甚至是獨創(chuàng)的，具體體現(xiàn)在：
1、法人犯罪制度
法人的概念從民事法律制度比較發(fā)達的西方引入，原來用于我國民法學(xué)和民事法律中。建國后一直到改革開放初期，構(gòu)成我國“單位”、“組織”的都清一色是國家或集體性質(zhì)，按當(dāng)時的觀念，“單位”、“組織”社會主義性質(zhì)只存在單位成員的個人違法犯罪，而“單位”本身不可能違法犯罪。但是，在特殊的歷史年代（戰(zhàn)爭年代和文革期間），一些機關(guān)、團體、企事業(yè)單位，動輒以“組織”名義侵犯公民正當(dāng)權(quán)益的事情時有發(fā)生。但對于企業(yè)、社會團體甚至國家機關(guān)是否存在犯罪行為，能否追究刑事責(zé)任則爭議很大。20世紀80年代，我國實行對外開放，有計劃經(jīng)濟向市場經(jīng)濟轉(zhuǎn)型，一些不法分子利欲熏心，鋌而走險，利用國內(nèi)外市場差價，大舉走私，牟取暴利。單位走私也在這時進入了立法治理的范疇。1987年《海關(guān)法》應(yīng)運而生，直接規(guī)定機關(guān)、團體、企業(yè)、事業(yè)單位犯走私罪，對單位處罰罰金并追究主管領(lǐng)導(dǎo)人員和直接責(zé)任人員刑事責(zé)任。這一規(guī)定具有劃時代的意義，成為我國單位犯罪的風(fēng)向標，直接影響后來一系列有關(guān)單位犯罪的規(guī)定。
2、垂直管理體制
由國家立法專門規(guī)定行政部門機關(guān)的設(shè)置和領(lǐng)導(dǎo)關(guān)系、管理體制，在我國法律制度中是獨特的?！逗ｊP(guān)法》關(guān)于“國務(wù)院設(shè)立海關(guān)總署，統(tǒng)一管理全國海關(guān)”，“國家在對外開放的口岸和海關(guān)監(jiān)管業(yè)務(wù)集中的地點設(shè)立海關(guān)。海關(guān)的隸屬關(guān)系，不受行政區(qū)劃的限制”的規(guī)定，確立了海關(guān)高度集中、統(tǒng)一的垂直領(lǐng)導(dǎo)體制。
3、行政執(zhí)法程序與刑事執(zhí)法程序的內(nèi)部轉(zhuǎn)換制度
海關(guān)每年查獲走私案件上萬起，其中部分違法性質(zhì)、情節(jié)嚴重的（達到一定逃稅額或數(shù)量）構(gòu)成走私罪。海關(guān)緝私部門依法同時承擔(dān)行政、刑事執(zhí)法職責(zé)，在其他部門不多見。執(zhí)法實踐中常常發(fā)生按一般走私行為立案、調(diào)查，采取行政措施扣留貨物、物品、運輸工具后認為構(gòu)成走私罪嫌疑，對嫌疑人采取行政拘留措施，然后案件改為走私罪刑事案件立案偵查，辦理走私罪嫌疑人的刑事拘留手續(xù)，并可能進一步辦理報請批準逮捕手續(xù)，辦理走私貨物、物品、運輸工具的刑事扣押手續(xù)。反之亦然。但為保證兩種執(zhí)法權(quán)力不致混用甚至濫用，就需要按嚴格的程序轉(zhuǎn)換制度。
4、種類齊全的行政強制措施
海關(guān)行政執(zhí)法范圍廣、責(zé)任大，事關(guān)國計民生，為保證海關(guān)旅行職能，海關(guān)法及有關(guān)法律、行政法規(guī)賦予海關(guān)充分的權(quán)力，包括采取種類齊全的行政措施權(quán)，諸如人身檢查權(quán)、扣留權(quán)，金融單位帳戶資金的查詢權(quán)、劃撥扣繳和抵繳權(quán)，違法貨物的變賣權(quán)，違法人和納稅義務(wù)人合法財產(chǎn)的保全、扣留、變賣、抵繳權(quán)，違法貨物、物品的收繳權(quán)，貨物及有關(guān)賬冊資料的封存權(quán)，以及強制收取保證金、抵押物的權(quán)力，等等，這在我國法律制度中也是不多見的。
5、海關(guān)監(jiān)管貨物的物權(quán)限制制度
根據(jù)《海關(guān)法》的規(guī)定，一般進口貨物自進境起到海關(guān)放行止，出口貨物自向海關(guān)申報起到出境止，海關(guān)減免稅貨物在海關(guān)監(jiān)管年限內(nèi)，保稅貨物在保稅區(qū)內(nèi)或在保稅區(qū)期間，過境貨物、通運貨物及暫時進境貨物在我關(guān)境期間，暫時出境貨物在出境期間，都必須接受海關(guān)監(jiān)管，未經(jīng)海關(guān)許可，收發(fā)貨人或所有人、經(jīng)營人、保管人、運輸人，均不得擅自提取、交付、發(fā)運或抵押、質(zhì)押、轉(zhuǎn)讓、移作他用。同時，還規(guī)定法院在處置海關(guān)監(jiān)管貨物時，應(yīng)當(dāng)責(zé)令當(dāng)事人繳納關(guān)稅，辦結(jié)海關(guān)手續(xù)。
6、沒收走私貨物制度
海關(guān)對走私貨物的處理不同于公安司法機關(guān)對盜竊、搶劫的贓物和贓款的處理，前者沒收，后者發(fā)還失主。打擊走私、沒收走私貨物是各國法律制度的通例。但在國外以走私論處而沒收的一般為毒品、偽造貨幣、侵犯知識產(chǎn)權(quán)等禁止進出境貨物物品，以及極少數(shù)嚴格控制進出口的貨物如煙草制品等。而我國法律專門規(guī)定了走私普通貨物罪，海關(guān)沒收的私貨在很多情況下并不屬于私人所有。海關(guān)法規(guī)定“法院判決沒收和海關(guān)決定沒收的走私貨物，由海關(guān)統(tǒng)一變賣，所得價款上繳國庫”，形成我國獨特的海關(guān)沒收私貨法律制度。
7、運輸工具負責(zé)人承擔(dān)法律責(zé)任制度
盡管運輸工具負責(zé)人受雇運輸走私貨物，本人不是“直接走私人”，但實際走私人幕后操縱走私，法律難以追究而走私行為必須打擊，另外運輸人在不能持有合法證明情況下進入我國（包括內(nèi)海、領(lǐng)海），本身也屬違法，因此，法律規(guī)定在上述情況下以運輸工具負責(zé)人為走私人追究刑事責(zé)任并沒收私貨。這與刑法一般情況下不追究受雇人或者僅作為從犯追究明顯不同。
8、行政擔(dān)保制度
海關(guān)法律開創(chuàng)性地設(shè)定有多種行政擔(dān)保制度，包括進出口人未辦結(jié)海關(guān)手續(xù)而提出海關(guān)先放行貨物申請的“通關(guān)擔(dān)保”，申請暫緩納稅而主動繳納或海關(guān)認為存在稅收風(fēng)險責(zé)令繳納的“稅收擔(dān)?！?海關(guān)對無法或不便扣留的違法嫌疑貨物收取的或為保證海關(guān)行政處罰對出境的當(dāng)事人收取的“處罰擔(dān)?！?，以及申請海關(guān)采取知識產(chǎn)權(quán)保護的權(quán)利人或要求先予放行嫌疑侵權(quán)貨物的進出口人提交的“知識產(chǎn)權(quán)保護擔(dān)?！钡?。海關(guān)行政擔(dān)保與民事?lián)Ｓ蓄愃频男问?，但有本質(zhì)區(qū)別。海關(guān)行政擔(dān)保的擔(dān)保人就擔(dān)保事項對海關(guān)承擔(dān)行政責(zé)任，未履行擔(dān)保義務(wù)的，海關(guān)可以強制履行并給予行政處罰。海關(guān)向行政相對人直接收取擔(dān)保，具有強制性質(zhì)；相對人申請擔(dān)保的，大多數(shù)情況下由海關(guān)行政相對人自我擔(dān)保，經(jīng)海關(guān)審查認可，也可以由第三方擔(dān)保。
9、行政代理制度
海關(guān)行政代理制度也是獨創(chuàng)性的行政法律制度。海關(guān)行政代理主要有“外貿(mào)代理”、“報關(guān)代理”兩類，都是與民事代理不同的法律制度。其中，報關(guān)代理人（代理進出口經(jīng)營人向海關(guān)辦理報關(guān)手續(xù)的人）對海關(guān)負有合理審查、如實申報的義務(wù)，未能履行合理審查義務(wù)、造成申報不實的，海關(guān)給予行政處罰；而外貿(mào)代理的實際進出口人即被代理人與海關(guān)進出境監(jiān)督管理并不直接發(fā)生關(guān)系，而代理進出口人才是行政管理相對人，其身份才是對外貿(mào)易法和海關(guān)法意義上的進出口經(jīng)營者。因此，海關(guān)法律制度規(guī)定由代理人就其代理進出口的貨物、物品進出關(guān)境行為的合法性對海關(guān)負責(zé)任。
10、無過錯賠償制度
1990年的《行政訴訟法》行政違法行為侵犯公民、法人和其他組織合法權(quán)利的國家賠償制度；1995年的《國家賠償法》全面建立了國家行政賠償和刑事賠償制度。上述制度都是屬于基于“過錯原則”的國家賠償。近年來，法學(xué)界和立法機關(guān)都在探討建立國家機關(guān)在其職務(wù)行為并無過錯的情況下給公民、法人和其他組織合法權(quán)益造成損害的賠償（一般稱為“補償”）制度。其實，早在1987年，《海關(guān)法》就是實行了海關(guān)依法履行職務(wù)，因查驗行為造成貨物、物品損壞的，要賠償實際損失的制度——即無過錯賠償制度。
11、海關(guān)統(tǒng)計制度
根據(jù)《海關(guān)法》、《統(tǒng)計法》和《海關(guān)統(tǒng)計條例》的規(guī)定，海關(guān)依法獨立編制進出口貿(mào)易統(tǒng)計，海關(guān)總署負責(zé)組織、管理全國海關(guān)統(tǒng)計工作。該統(tǒng)計屬于國家正式統(tǒng)計，是國民經(jīng)濟的組成部分?！昂ｊP(guān)統(tǒng)計的任務(wù)是對進出口貨物貿(mào)易進行統(tǒng)計調(diào)查、統(tǒng)計分析和統(tǒng)計監(jiān)督，進行進出口檢測預(yù)警，編制管理和公布海關(guān)統(tǒng)計資料，提供統(tǒng)計服務(wù)?！?/p>
12、知識產(chǎn)權(quán)海關(guān)保護制度
根據(jù)《知識產(chǎn)權(quán)海關(guān)保護條例》（1994年頒布實施，2003、2009年兩次修訂）和《海關(guān)法》（2000年確認該保護職能）的規(guī)定，知識產(chǎn)權(quán)海關(guān)保護“主動保護”與“被動保護”相結(jié)合的原則（提法來自國外）。所謂主動保護，是指國家法律（如美國等）認為侵權(quán)行為侵犯的是國家保護知識產(chǎn)權(quán)、促進科技進步和經(jīng)濟發(fā)展的國家利益，因此，需要“公權(quán)力保護”。所謂“被動保護”是指國家法律（如歐盟大部分國家）認為侵權(quán)行為侵犯的是企業(yè)的私權(quán)利，國家不應(yīng)動用全體納稅人納稅形成的行政資源主動為某一個企業(yè)無償服務(wù)，因此，只根據(jù)企業(yè)申請保護知識產(chǎn)權(quán)，并且由企業(yè)承擔(dān)有關(guān)處置費用和承擔(dān)因權(quán)利人申請扣留貨物可能給進出口人造成的損失的責(zé)任。
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