《侵權(quán)責(zé)任法》實施以后，醫(yī)學(xué)會進行醫(yī)療損害鑒定存在以下問題：
1、醫(yī)學(xué)會醫(yī)療損害鑒定的制度性免責(zé)
2002年以前的醫(yī)療糾紛處理，主要是依據(jù)1987年國務(wù)院頒布的《醫(yī)療事故處理辦法》，由各級醫(yī)療行政管理部門進行鑒定。這種鑒定模式對于醫(yī)方的不利之處在于，鑒定行為是一種具體行政行為，醫(yī)療糾紛當事人對鑒定結(jié)論不服，可以將衛(wèi)生行政主管部門作為被告提起行政訴訟。并且由衛(wèi)生行政管理部門對鑒定結(jié)果負責(zé)。這對于醫(yī)方，特別是醫(yī)療衛(wèi)生行政主管部門是一件巨大的麻煩事。
2002年國務(wù)院發(fā)布《醫(yī)療事故處理條例》，衛(wèi)生部發(fā)布《醫(yī)療事故技術(shù)鑒定暫行辦法（試行）》，在這種新的制度下，由醫(yī)學(xué)會臨時組織專家進行不記名的秘密鑒定，實現(xiàn)了鑒定機構(gòu)和鑒定人的雙重免責(zé)。因而，在醫(yī)療糾紛的行政處理中，醫(yī)方成功地實現(xiàn)了鑒定環(huán)節(jié)中鑒定機構(gòu)及鑒定人的制度性免責(zé)。
《侵權(quán)責(zé)任法》實施后，這種制度性免責(zé)也成功地從舊的二元化過渡到了新的二元化而繼續(xù)存在，從而對醫(yī)學(xué)會所從事的醫(yī)療損害鑒定的鑒定機構(gòu)和鑒定人起到良好的保護作用。
2、醫(yī)學(xué)會醫(yī)療損害鑒定專家自我保護心理
醫(yī)學(xué)會醫(yī)療損害鑒定的鑒定模式屬于在職同行間的相互鑒定。鑒于臨床醫(yī)療工作的高風(fēng)險性及風(fēng)險的難以控制性，幾乎每位鑒定專家都會有同樣的顧慮，假如自已經(jīng)將來發(fā)生了醫(yī)療糾紛，別的同行來鑒定自已的醫(yī)療行為時會怎樣，這樣的思想顧慮必然導(dǎo)致鑒定人的鑒定行為朝向明哲保身的方向去行使自已的鑒定權(quán)利。這種明哲保身的心理，往往讓醫(yī)學(xué)會專家作出鑒定時偏向、袒護同行，同時這種心理也會讓醫(yī)學(xué)會的鑒定專家不愿意出庭接受質(zhì)證。與此同時，醫(yī)學(xué)會鑒定專家在作出有利于同行、不利于患方的不公正鑒定結(jié)論后，往往因為懼怕患方報復(fù)而不敢出庭。因此可以預(yù)見，醫(yī)療損害鑒定新二元化體制下的醫(yī)學(xué)會專家出庭接受質(zhì)證的問題，只可能停留在一紙規(guī)定上，現(xiàn)實中更多的會出現(xiàn)“鑒定專家確因特殊原因無法出庭”而請求人民法院準許以書面答復(fù)當事人的質(zhì)詢?？梢灶A(yù)測，如果法律明確規(guī)定醫(yī)學(xué)會實施的醫(yī)療損害鑒定實行鑒定人負責(zé)制，醫(yī)學(xué)會將難以請到相應(yīng)的鑒定專家去進行鑒定。
3、沒有制約的權(quán)利往往帶來不公正的鑒定結(jié)果
有研究認為，醫(yī)學(xué)會從事的醫(yī)療損害鑒定，是專家組從事的鑒定，而不是鑒定人所從事的鑒定。由于專家組是一個臨時性秘密組織，這種臨時性組織既不是法人，也不是自然人，這樣其所作的鑒定結(jié)果，沒有人會承擔(dān)民事責(zé)任。然而，在醫(yī)學(xué)會所從事的醫(yī)療損害鑒定中，鑒定人卻享有絕對的鑒定權(quán)，可以不受任何約束作出鑒定結(jié)論，鑒定人是否存在故意作出虛假鑒定也難以認定。由于鑒定是處于一種秘密的保護狀態(tài)而無須承擔(dān)任何責(zé)任[3]。
可以想像，在這種管理制度下所進行的醫(yī)療損害鑒定，什么樣的鑒定結(jié)果都可能發(fā)生。以某?。ㄊ校┘夅t(yī)學(xué)會的某一鑒定結(jié)果為例，某58歲婦女，因左頸部膿腫住院治療，醫(yī)方診斷為左頸部淋巴結(jié)結(jié)核，進行左頸部淋巴結(jié)結(jié)核清除術(shù)，術(shù)中未找到、也未切除任何腫大淋巴結(jié)，手術(shù)切除組織經(jīng)三家國內(nèi)著名醫(yī)院病理科檢查及被告醫(yī)院本院病理科檢查，均未查出有結(jié)核性病變，也就是說該案患者不存在頸淋巴結(jié)結(jié)核。因手術(shù)導(dǎo)致“副神經(jīng)損傷、耳大神經(jīng)損傷、胸鎖乳突肌神經(jīng)源性損傷、藥物性肝炎”而發(fā)生醫(yī)療糾紛。依據(jù)前述醫(yī)療事實，經(jīng)某?。ㄊ校?、市（區(qū)）兩級醫(yī)學(xué)會鑒定，均認定“醫(yī)院根據(jù)患者病史、癥狀、體征作出左頸部淋巴結(jié)結(jié)核的診斷是正確的，有手術(shù)指征”，從而認定不構(gòu)成醫(yī)療事故。依據(jù)該鑒定結(jié)論，該案一審、二審患方均被判決敗訴?；颊呱暝V到省（市）高級人民法院申請再審，該高級人民法院仍然依據(jù)兩級醫(yī)學(xué)會鑒定結(jié)果判決患者敗訴。目前患者長期上訪。
然而，現(xiàn)代社會文明不可能允許任何民事行為或行政行為只擁有權(quán)利而不承擔(dān)責(zé)任，因此從根本上改革醫(yī)學(xué)會進行的醫(yī)療損害鑒定，勢在必行。
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