專利訴訟案件，不同于普通的行政或民事案件，不僅在級別管轄上有特別的規(guī)定，在地域上也有專門的規(guī)定。
一、專利行政案件
1、以專利復(fù)審委為被告的專利行政案件。
根據(jù)相關(guān)法律及司法解釋，這類案件均由北京市中級人民法院作為第一審法院，北京市高級人民法院作為第二審法院。
因?yàn)閷＠麖?fù)審委所屬的國家知識產(chǎn)權(quán)局地處北京市海淀區(qū)，從地域上屬于第一中級人民法院管轄，因此，北京市高級人民法院在2002年8月作出規(guī)定，這類案件暫均由北京市第一中級人民法院管轄。
在法院內(nèi)部，專利行政案件還分為行政審判庭審理和民三庭審理兩種情況，一般原則是：在相關(guān)專利沒有任何民事糾紛的情況下，這類行政案件由行政審判庭審理；在相關(guān)專利涉及民事糾紛并且在法院立案的情況下，這類行政案件由民事審判庭審理。
2、以國家知識產(chǎn)權(quán)局為被告的專利行政案件。
根據(jù)相關(guān)法律及司法解釋，這類案件均由北京市第一中級人民法院作為第一審法院，北京市高級人民法院作為第二審法院，而且案件由行政審判庭審理。
3、以管理專利工作的部門為被告的專利行政案件。
根據(jù)2001年的《最高人民法院關(guān)于審理專利糾紛案件適用法律問題的若干規(guī)定》第一條規(guī)定，不服管理專利工作的部門作出的行政決定的案件屬于專利糾紛案件，而該《若干規(guī)定》第二條明確規(guī)定了“專利糾紛第一審案件，由各省、自治區(qū)、直轄市人民政府所在地的中級人民法院和最高人民法院指定的中級人民法院管轄”。所以，對管理專利工作的部門的具體行政行為不服的，管轄法院不一定是以行政機(jī)關(guān)所在地的法院，必須是有專利糾紛案件管轄權(quán)的中級法院。
二、專利民事案件
除遵守一般的原告就被告原則外，專利民事案件同樣必須到有專利糾紛案件管轄權(quán)的中級人民法院提起一審訴訟。對于專利合同案件，只要一審法院具有專利糾紛案件管轄權(quán)，被告所在地法院、合同履行地法院、合法的合同約定的法院都可以管轄。對于專利侵權(quán)案件，在一審法院具有專利糾紛案件管轄權(quán)的情況下，侵權(quán)行為發(fā)生地、侵權(quán)結(jié)果發(fā)生地、任何一個(gè)侵權(quán)人所在地的法院都有管轄權(quán)。
在專利侵權(quán)訴訟案件中，侵權(quán)人可能是制造商、銷售商或者對侵權(quán)產(chǎn)品進(jìn)行商業(yè)使用的商家，所以，原告比較選擇侵權(quán)訴訟的管轄法院。
三、專利糾紛案件的管轄法院
截至2006年11月22日,我國專利糾紛案件一審管轄法院共計(jì)59個(gè)中級法院：
27個(gè)省、自治區(qū)的政府所在地的中級法院，四個(gè)直轄市的8個(gè)中級法院，24個(gè)最高院指定的中級法院：深圳、珠海、汕頭、佛山、東莞、江門、中山、廈門、泉州、溫州、寧波、金華、蘇州、南通、青島、煙臺(tái)、濰坊、大連、葫蘆島、景德鎮(zhèn)、宜春、株洲、綿陽、包頭。
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