行政許可程序是規(guī)范行政許可行為，防止濫用權(quán)力、保證正確行使權(quán)力的重要環(huán)節(jié)，需要作出具體規(guī)定。

按照效能與便民的原則，《行政許可法》總結(jié)成功實(shí)踐經(jīng)驗(yàn)，借鑒國外通行做法，從行政機(jī)關(guān)和老百姓兩個方面對實(shí)施行政許可的一般程序作了規(guī)定：（1）省級人民政府經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn)，可以將幾個行政機(jī)關(guān)行使的行政許可權(quán)相對集中（第三十四條）。（2）一個行政機(jī)關(guān)實(shí)施行政許可涉及機(jī)關(guān)內(nèi)部幾道環(huán)節(jié)的，應(yīng)當(dāng)“一個窗口”對外（第三十五條）。（3）依法需要幾個部門幾道許可的，可以由一個部門牽頭征求其他有關(guān)部門意見后統(tǒng)一辦理，或者實(shí)行聯(lián)合辦理、集中辦理，盡量減少“多頭審批”（第三十六條）。（4）行政機(jī)關(guān)應(yīng)當(dāng)將有關(guān)行政許可事項(xiàng)的規(guī)定在辦公場所公示，以防止“暗箱操作”（第三十八條）。（5）作出行政許可決定前，行政機(jī)關(guān)應(yīng)當(dāng)聽取意見；不予行政許可的，要說明理由（第四十六條、第四十八條）。

為了方便老百姓，草案總結(jié)實(shí)踐經(jīng)驗(yàn)，規(guī)定：行政許可申請可以通過郵寄、傳真等書面方式提出，也可以委托代理人提出，不必都親自到行政機(jī)關(guān)去辦（第三十九條）；行政許可決定盡量做到當(dāng)場受理、當(dāng)場決定，不能當(dāng)場決定的，要出具受理憑證，并且原則上應(yīng)當(dāng)在30日內(nèi)作出決定（第四十九條）。