1、納稅人在輔導(dǎo)期內(nèi)增購專用發(fā)票，繼續(xù)實(shí)行預(yù)繳增值稅的辦法，預(yù)繳的增值稅可在本期增值稅應(yīng)納稅額中抵減，抵減后預(yù)繳增值稅仍有余額的，應(yīng)于下期增購專用發(fā)票時，按次抵減。

2、主管稅務(wù)機(jī)關(guān)應(yīng)加強(qiáng)對納稅人預(yù)繳稅款抵減的審核工作：

（1）納稅人發(fā)生預(yù)繳稅款抵減的，應(yīng)自行計算需抵減的稅款并向主管稅務(wù)機(jī)關(guān)提出抵減申請。

（2）主管稅務(wù)機(jī)關(guān)接到申請后，經(jīng)審核，納稅人繳稅和專用發(fā)票發(fā)售情況無誤，且納稅人預(yù)繳增值稅余額大于本次預(yù)繳增值稅的，不再預(yù)繳稅款可直接發(fā)售專用發(fā)票；納稅人本次預(yù)繳增值稅大于預(yù)繳增值稅余額的，應(yīng)按差額部分預(yù)繳后再發(fā)售專用發(fā)票。

3、主管稅務(wù)機(jī)關(guān)應(yīng)在納稅人輔導(dǎo)期結(jié)束后的第一個月內(nèi)，一次性退還納稅人因增購專用發(fā)票發(fā)生的預(yù)繳增值稅余額。因文件中沒有規(guī)定，企業(yè)在輔導(dǎo)期滿后的預(yù)繳可以抵扣應(yīng)繳稅款，輔導(dǎo)期滿后的一個月內(nèi)，可以到主管稅務(wù)機(jī)關(guān)辦理一次性退還納稅人因增購專用發(fā)票發(fā)生的預(yù)繳增值稅余額。