根據(jù)商標(biāo)法及有關(guān)法律的規(guī)定，商標(biāo)使用許可合同應(yīng)當(dāng)報商標(biāo)局備案。商標(biāo)使用許可合同未經(jīng)備案的，不影響該許可合同的效力，當(dāng)事人另有約定的除外。在本案中，甲、乙兩公司的商標(biāo)使用許可合同未向商標(biāo)局備案，并不影響該合同的效力。甲、乙應(yīng)當(dāng)按照合同的約定，分別履行自己的義務(wù)，違約的應(yīng)依法承擔(dān)違約責(zé)任。但是，商標(biāo)使用許可合同未在商標(biāo)局備案的，不得對抗善意第三人。

[法律依據(jù)] 最高人民法院《關(guān)于審理商標(biāo)民事糾紛案件適用法律若干問題的解釋》第19條。