一、單位能否自行決定工時制度

根據(jù)《勞動部關于企業(yè)實行不定時工作制和綜合計算工時工作制的審批辦法》第七條的規(guī)定，中央直屬企業(yè)實行不定時工作制和綜合計算工時工作制等其他工作和休息辦法的，經(jīng)國務院行業(yè)主管部門審核，報國務院勞動行政部門批準。

地方企業(yè)實行不定時工作制和綜合計算工時工作制等其他工作和休息辦法的審批辦法，由各省、自治區(qū)、直轄市人民政府勞動行政部門制度，報國務院勞動行政部門備案。

由此可見，用人單位并不能自行決定實行不定時工作制和綜合計算工時工作制，而是必須向相關勞動行政部門申請，獲得批準后方可實行，未經(jīng)批準的，一律無效。

二、單位申請?zhí)厥夤r制應注意什么

建議用人單位在申請實行不定時工作制或綜合計算工時工作制時，采用如下操作流程：

1、用人單位確定實行不定時工作制或綜合計算工時工作制的員工范圍；

2、制定實行不定時工作制或綜合計算工時工作制對員工工作和休息安排的計劃；

3、將制定好的計劃與工會或適用員工進行討論，并結(jié)合討論意見進行修改；

4、至相關勞動行政部門填寫《企業(yè)實行不定時工作制和綜合計算工時工作制申請表》，并遞交相關申請材料，如企業(yè)營業(yè)執(zhí)照副本復印件、組織機構(gòu)代碼證復印件、職工名冊、考勤記錄等；

5、勞動保障行政部門受理申請后，應當對申請材料進行審查，必要時可以指派兩名以上工作員工到申請單位進行核查。勞動保障行政部門應當自受理申請之日起20個工作日內(nèi)作出是否準予實行不定時工作制或綜合計算工時工作制的決定，并書面批復申請單位。因情況特殊需延長審查期限的，經(jīng)本部門主管領導批準，可延長10個工作日。

6、當然，這只是個標準的流程，各個地方的規(guī)定可能會在一些細節(jié)有所不同，建議用人單位在申請時可先向當?shù)貏趧有姓块T進行咨詢。