主體不同

三方協(xié)議，全稱為《全國普通高等學校畢業(yè)生就業(yè)協(xié)議書》，是用人單位、畢業(yè)生、學校作為三方，三者相互關聯(lián)又彼此獨立。。該協(xié)議是明確畢業(yè)生在就業(yè)工作中的權利義務的書面表現(xiàn)形式，并對應屆畢業(yè)生的戶籍、檔案、保險、公積金等相關問題進行了約定。協(xié)議的效力在畢業(yè)生憑報到證到單位報到、用人單位正式接收后自行終止。

勞動合同，一般是三方協(xié)議終止后，勞動者與用人單位簽訂的工作協(xié)議，其確立了雙方之間的勞動關系，明確了彼此的權利義務。勞動合同的訂立與內容受到《勞動法》、《勞動合同法》等一系列法律法規(guī)的限定與保護。

內容不同

三方協(xié)議的內容，主要是登記了應屆畢業(yè)生與用人單位的基本情形，畢業(yè)生表示其愿意接受用人單位的待遇并就業(yè)，用人單位表示愿意接受該畢業(yè)生，學校作為第三方同意推薦該畢業(yè)生并列入就業(yè)方案。三方協(xié)議的主要作用是表現(xiàn)用人單位愿意接收簽訂協(xié)議的應屆畢業(yè)生，而沒有對相應的就職權利義務予以進一步的明確。

而勞動合同主要是對勞動者和用人單位雙方的權利義務進行協(xié)商并予以明確的書面表現(xiàn)形式，規(guī)定了勞動者的勞動報酬、勞動保護、工作內容、休息休假、勞動紀律等方面的內容。當三方協(xié)議約定的內容與勞動合同的條款有所出入時，一般以勞動合同為準。

時效問題

關于三方協(xié)議的時效，前文已有提及，其有效期自三方簽約之日起開始計算，至應屆畢業(yè)生到相應的用人單位報到之日終止。畢業(yè)生簽訂就業(yè)協(xié)議時仍然是學生身份，也就是說，三方協(xié)議只能是應屆畢業(yè)生的專屬協(xié)議。

而勞動合同，往往是三方協(xié)議終止時，在畢業(yè)生到用人單位報到之后重新簽訂的。勞動合同的有效期視合同上記載的有效期而定，一般由勞動者與用人單位進行協(xié)商并達成共識。勞動者一旦與用人單位簽訂勞動合同，三方協(xié)議的效力應當喪失。

因此，應屆畢業(yè)生在到達用人單位報到之后，應當提出與用人單位簽訂正式的勞動合同，以維護自身的合法權益。