電子支票的支付流程不是單一的，它和所要應用的電子支票系統(tǒng)密切相關?，F(xiàn)舉由美國卡內基·梅隆大學開發(fā)出的“Netbill”電子支票為例，介紹其網上支付流程。

(1)客戶向商戶請求正式的報價單，啟動Netbill交易;

(2)在收到報價單請求后，商戶定出價格，并返回報價單;

(3)如果客戶接受所報價格，則應指示其支票簿向商戶收款機發(fā)送購買請求;

(4)當收到購買請求后，收款機從商戶應用中取出產品，并采用一個密鑰來加密該產品。在計算出密碼校驗和后，將結果傳送至客戶支票簿;

(5)在收到加密信息后，支票簿驗證校驗和，隨后，支票簿向商戶收款機送回一份簽名的電子支付定單。

(6)收款機對電子支付定單進行背書，然后將之發(fā)送至Netbill服務器。

(7)Netbill服務器在驗證價格、核驗和等符合規(guī)定之后，借記客戶賬戶恰當?shù)臄?shù)額。Netbill服務器記錄該筆交易并且保存一次性密鑰的復制件，然后，再將包含有同意或拒絕信息的數(shù)字簽名信息發(fā)送給商戶。

(8)商戶對Netbill服務器作出回答，如果同意，即同時將解密密鑰發(fā)送給客戶支票簿。