一、什么是存疑不起訴

存疑不起訴，又稱證據(jù)不足的不起訴。存疑不起訴是指檢察機關對于經(jīng)過補充偵查的案件，仍然認為證據(jù)不足，不符合起訴條件的，可以作出不起訴決定。

我國刑事訴訟法第171條第4款規(guī)定：對于二次補充偵查的案件，人民檢察院仍然認為證據(jù)不足，不符合起訴條件的，應當作出不起訴的決定。而根據(jù)我國刑事訴訟法第171條第三款規(guī)定的精神，補充偵查的案件應在1個月內(nèi)補充偵查完畢，補充偵查以兩次為限。因此，經(jīng)過兩次補充偵查，對于事實仍未查清、證據(jù)不足的案件，人民檢察院可以作出不起訴的決定。

二、存疑不起訴后能否再提起公訴

1、檢察機關作出對存疑不起訴案件發(fā)現(xiàn)新證據(jù)后可提起公訴的規(guī)定，一方面突破了《刑事訴訟法》的規(guī)定，因為該法并未規(guī)定存疑不起訴后發(fā)現(xiàn)新證據(jù)可以再行起訴；另一方面，該規(guī)定對保障犯罪嫌疑人的合法權益極為不利。這種不利表現(xiàn)為：對于存疑不訴的被不起訴人，社會上對其會有“不清不白”的評價，罪與非罪懸而未決，社會各方面的排斥和冷遇時時可遇，日常活動很難開展。同時，由于高檢院對何時發(fā)現(xiàn)新證據(jù)可再行起訴未作限制性規(guī)定，對未發(fā)現(xiàn)新證據(jù)的人，其直到死還會有案件掛著。因此，一些學者建議取消存疑不訴后再可起訴的規(guī)定。

“有法可依，有法必依，執(zhí)法必嚴，違法必究”是我國法制的基本原則?！缎谭ā返谒臈l也規(guī)定：“對任何人犯罪，在適用法律上一律平等。不允許任何人有超越法律的特權。”控訴犯罪，保護人民，保障國家安全和社會公共安全，維護社會主義社會秩序，是公安、檢察機關的基本職責。公安、檢察機關作為控訴犯罪的專門機關，理所當然有權力、也有責任在發(fā)現(xiàn)新證據(jù)，足以追究犯罪嫌疑人刑事責任的情況下，向法院提起公訴。

2、司法實踐中，常有一些案件，由于關鍵證人短期內(nèi)無法找到，共同犯罪案件其他犯罪嫌疑人在逃等原因，在犯罪嫌疑人拒不供述的情況下，往往很難排除一些合理懷疑，而基于辦案期限，為保障人權，只能作出存疑不起訴決定，但這并不是說犯罪嫌疑人客觀上沒有犯罪，一旦相關證人找到，或者共犯被抓獲，案情就會顯得清清楚楚，此時如能證實原先被不起訴的犯罪嫌疑人有罪而不將其交付審判，實有?！斑`法必究”和“法律面前人人平等”的原則。

當然，作為公安、檢察機關也不應忽視客觀存在的社會對存疑不起訴人的消極評價，為保障其權利，應加大對存疑不起訴案件的補查力度，盡量縮短查清案件的時間，早日給存疑不起訴人一個有罪無罪的明確結(jié)論。對此，有學者提出公訴時效的概念，即對存疑不起訴后再起訴權的行使規(guī)定一個合理的期限，從檢察機關不起訴決定宣布之日起計算，在該期限內(nèi)，檢察機關對被不起訴人未能提起公訴的，不再保留公訴權。該建議有其合理性，值得研究。