一、非法占用農(nóng)地與倒賣農(nóng)地的界限

本罪與非法轉(zhuǎn)讓、倒賣土地使用權(quán)罪都是與土地管理有關(guān)的犯罪。二者的不同在于：

（1）客體不同。本罪侵害的是國家對土地特別是耕地進行保護的管理制度；而非法轉(zhuǎn)讓、倒賣土地使用權(quán)罪侵害的則是國家對土地使用權(quán)合法轉(zhuǎn)讓的管理制度。

（2）犯罪客觀方面不同。非法占用耕地罪是結(jié)果犯，表現(xiàn)為違反土地管理法規(guī)，非法侵占耕地，數(shù)量較大，造成大量耕地毀壞的行為。非法轉(zhuǎn)讓、倒賣土地使用權(quán)罪則是情節(jié)犯，表現(xiàn)為違反土地管理法規(guī)，實施了非法轉(zhuǎn)讓、倒賣土地使用權(quán)，情節(jié)嚴重的行為。

（3）對二者的處罰雖都采取了判處有期徒刑和罰金的刑罰方法，但前者沒有明確確定的罰金標準；而后者則采取的是倍比罰金制的方式以確定罰金的標準。

二、非法占用農(nóng)地與非法批準界限

非法占用農(nóng)用地罪、占用土地罪和非法低價出讓國有土地使用權(quán)罪的界限：此三罪相同之處都是與土地資源有關(guān)；并且在主觀方面均表現(xiàn)為故意。不同之處表現(xiàn)為：

（1）侵害的客體不同。非法占用耕地罪的客體是對耕地的法律保護制度；而非法批準征用、占用土地罪和非法低價出讓國有土地使用權(quán)罪所侵害的客體均為國家機關(guān)工作人員職務(wù)行為的廉潔性和正當性。

（2）客觀方面不同。非法占用耕地罪在客觀上表現(xiàn)為違反土地管理法規(guī)，非法占用耕地改作他用，數(shù)量較大，造成耕地大量毀壞的行為，而非法批準征用、占用土地罪和非法低價出讓國有土地使用權(quán)罪在客觀上都表現(xiàn)為徇私舞弊，違反土地管理法規(guī)，濫用職權(quán)。

（3）主體不同。非法占用耕地罪的主體是一般生體，而非法批準征用、占用土地罪和非法低價出讓國有土地使用權(quán)罪的主體是特殊主體，即國家機關(guān)工作人員。