計(jì)算機(jī)軟件著作權(quán)糾紛案件具有高技術(shù)性、依賴于計(jì)算機(jī)的特性和表現(xiàn)形式的多樣性，因此，要識(shí)別和判斷侵權(quán)行為并不容易，其涉及到一系列的法律和技術(shù)問(wèn)題，特別是原被告雙方均辦理著作權(quán)登記的情況下，軟件著作權(quán)律師認(rèn)為源代碼的對(duì)比成為認(rèn)定侵權(quán)的關(guān)鍵。軟件商業(yè)秘密鑒定的對(duì)象為代碼，代碼無(wú)外乎包含2種代碼形式，分別是源代碼和目標(biāo)代碼，在軟件商業(yè)秘密侵權(quán)案件中，有時(shí)候有源代碼，也有目標(biāo)代碼;有時(shí)候有源代碼而沒(méi)有目標(biāo)代碼;有時(shí)候有目標(biāo)代碼而沒(méi)有源代碼。

軟件著作權(quán)律師認(rèn)為從技術(shù)角度來(lái)講，鑒定機(jī)構(gòu)在認(rèn)定源代碼是否相同的標(biāo)準(zhǔn)和方法上無(wú)疑有諸多的問(wèn)題，這種問(wèn)題根源與軟件技術(shù)的特殊性，即在于軟件的不斷更新與升級(jí)，其更新的頻率很高、幅度很大，其更新速度遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過(guò)其他技術(shù)的更新速度，軟件著作權(quán)律師認(rèn)為鑒定人員對(duì)于法律問(wèn)題的認(rèn)識(shí)往往會(huì)影響其采用的鑒定技術(shù)，從而對(duì)鑒定結(jié)果產(chǎn)生實(shí)質(zhì)性的影響。

從法律的角度來(lái)講，法院認(rèn)定計(jì)算軟件著作權(quán)侵權(quán)行為成立，其思路依次為原告是否擁有該計(jì)算機(jī)軟件的著作權(quán)或相關(guān)合法權(quán)利、被告的行為是否經(jīng)原告授權(quán)或者是否有其他合法依據(jù)，法官對(duì)于計(jì)算機(jī)程序源代碼的比較幾乎全部依靠鑒定機(jī)構(gòu)的意見，法官將材料提交鑒定機(jī)構(gòu)后直到鑒定機(jī)構(gòu)出具鑒定報(bào)告的時(shí)間段內(nèi)對(duì)整個(gè)鑒定過(guò)程是沒(méi)有任何參與的，有些案例中的原告因?yàn)闊o(wú)法取得被告的全部源代碼，對(duì)于能否適用證據(jù)規(guī)則第七十五條的妨礙舉證推定規(guī)則，實(shí)踐中多有爭(zhēng)議，部分法官則直接將中國(guó)版權(quán)中心備案的部分代碼作為檢材提交，個(gè)案中備案源代碼只占總程序的小部分，因此軟件著作權(quán)律師認(rèn)為如何科學(xué)的認(rèn)定侵權(quán)需要法官與鑒定機(jī)構(gòu)充分的溝通。

法律與技術(shù)層面的割裂造成了對(duì)于源代碼侵權(quán)認(rèn)定中的種種問(wèn)題，例如軟件的版本問(wèn)題，法官對(duì)于不同版本軟件之間的區(qū)別，以及原告在立案時(shí)以某一個(gè)登記的版本作為證據(jù)，但是在申請(qǐng)鑒定時(shí)又要求對(duì)比另外一個(gè)版本，此類問(wèn)題與案件的具體情況有關(guān)。同時(shí)又涉及專業(yè)的軟件知識(shí)。再例如對(duì)于軟件著作權(quán)糾紛中源代碼相同比例與是否存在“實(shí)際接觸”的關(guān)系問(wèn)題，在具體的審判中，往往同時(shí)涉及技術(shù)層面和法律問(wèn)題。同醫(yī)療鑒定不同，法官對(duì)于此類案件鑒定結(jié)論的運(yùn)用，往往不單純是一個(gè)法律判斷的問(wèn)題，軟件著作權(quán)案件中源代碼侵權(quán)的認(rèn)定無(wú)疑對(duì)法官的能力提出了更高的要求。對(duì)于此類問(wèn)題的解決不可能在短時(shí)間內(nèi)完成，法官軟件知識(shí)的專業(yè)化是解決此類問(wèn)題的方向，短期內(nèi)加強(qiáng)法律與技術(shù)層面的溝通與交流可以有效的解決源代碼侵權(quán)認(rèn)定中出現(xiàn)的問(wèn)題。軟件著作權(quán)律師認(rèn)為建議在個(gè)案中法官應(yīng)當(dāng)對(duì)鑒定機(jī)構(gòu)認(rèn)定侵權(quán)的標(biāo)準(zhǔn)與方法予以明確，以便更加科學(xué)的解決源代碼侵權(quán)的認(rèn)定問(wèn)題。