有限合伙制是私募基金在中國進行投資的主要企業(yè)組織形式之一。2006年《合伙企業(yè)法》修改后，有限合伙企業(yè)正式成為國內投資者的選項之一，而且企業(yè)可以成為合伙人。2009年《外國企業(yè)或者個人在中國境內設立合伙企業(yè)管理辦法》出臺，也開始允許外國投資者(包括外國企業(yè)和外國個人)在中國采用有限合伙企業(yè)的形式。到目前為止，有限合伙制私募基金已經在中國廣泛存在著。
對于有限合伙制私募基金的稅務優(yōu)惠，主要體現在以下幾個方面：
一、有限合伙制私募基金層面的稅務處理
《合伙企業(yè)法》第6條規(guī)定，合伙企業(yè)的生產經營所得和其他所得，按照國家有關稅收規(guī)定，由合伙人分別繳納所得稅。同時，《企業(yè)所得稅法》第1條規(guī)定，合伙企業(yè)并非企業(yè)所得稅的納稅人，不適用《企業(yè)所得稅法》。換句話說，從企業(yè)所得稅的角度來看，有限合伙制私募基金在基金層面上不被視為納稅主體，而無須繳納企業(yè)所得稅。
但是，無須繳納所得稅并不意味著有限合伙制私募基金在基金層面上不必繳納任何稅收。相反，除了所得稅之外的所有稅種對于有限合伙制私募基金都是適用的。比如說，有限合伙制私募基金是營業(yè)稅納稅主體，對于營業(yè)稅項下的活動，仍然需要按照《營業(yè)稅暫行條例》來繳納相應的營業(yè)稅與各種附加。
二、私募基金合伙人層面的稅務處理
財稅[2008]159號文(以下簡稱“159號文”)(適用于企業(yè)合伙人，因當時尚未允許外國投資者作為合伙人)規(guī)定，合伙企業(yè)生產經營所得和其他所得采取“先分后稅”的原則，這一生產經營所得和其他所得，既包括合伙企業(yè)分配給所有合伙人的所得，也包括合伙企業(yè)未分配給合伙人而是當年留存的所得(利潤)。財稅[2000]91號文(以下簡稱“91號文”)(適用于個人合伙人，因當時尚未允許企業(yè)合伙人或者外國投資者作為合伙人)規(guī)定，合伙企業(yè)以每一個合伙人為納稅人，合伙企業(yè)的生產經營所得等于企業(yè)層面的每一納稅年度的收入總額減去成本、費用以及損失后的余額。
綜合159號文與91號文來看，只要有所得，無論合伙企業(yè)是否向合伙人做出實際分配，合伙人作為納稅人都必須在每一納稅年度實際納稅。相應的，私募基金合伙人的稅負計算有兩個步驟，第一步在私募基金層面計算出生產經營所得和其他所得，第二步根據合伙協議的分配比例確定每個合伙人的應納稅所得額。
合伙企業(yè)的收入總額不包括以合伙企業(yè)名義對外投資分回的利息或者股息。國稅函[2001]84號(以下簡稱“84號文”)(適用于個人合伙人，因當時尚未允許企業(yè)合伙人或者外國投資者作為合伙人)規(guī)定，這一利息或者股息收入需要單獨作為合伙人個人取得的利息或者股息，按照“利息或者股息”應稅項目計算繳納個人所得稅。不難看出，利息和股息的所得性質可以從合伙企業(yè)傳遞給合伙人，所得性質并不發(fā)生變化。但是，這樣的所得性質傳遞也僅限于利息和股息，而不包括租金、特許權使用費、資本利得等等。后者的所得性質將會發(fā)生變更，并且都將籠統被視為合伙企業(yè)的生產經營所得，然后再分配給合伙人。84號文出臺時僅僅適用于居民個人合伙人，其是否可以擴大適用于有限合伙制私募基金并不清楚。
合伙協議的分配比例可以相當靈活。通常來說，私募基金都會以合伙協議的書面方式明確約定普通合伙人和有限合伙人的分配比例。如果合伙協議未約定或者約定不明確的，還可以依次按照合伙人商議決定的比例、合伙人實繳出資比例、或者合伙人平均分配來計算每個合伙人的應納稅所得額。唯一的限制是合伙協議不得約定將全部利潤分配給部分合伙人。但是，這樣的限制并沒有太多的實際作用。比如，合伙協議約定將99%的利潤分配給某個有限合伙人，似乎在技術上就沒有違反限制規(guī)定。
根據159號文的規(guī)定，合伙企業(yè)的合伙人是法人和其他組織的，合伙人在計算其繳納企業(yè)所得稅時，不得用合伙企業(yè)的虧損抵減其盈利。根據91號文的規(guī)定，合伙企業(yè)的年度虧損，允許用本企業(yè)下一年度的生產經營所得彌補，不足彌補的，允許逐年延續(xù)彌補，但最長不得超過5年。上述規(guī)定使得合伙企業(yè)只能分配利潤，而無法將虧損分配給合伙人，從而大大降低了合伙企業(yè)本應具備的商業(yè)上的靈活性。這意味著，如果同一有限合伙人投資了兩個私募基金，其中一個是虧損的，另一個是盈利的，該有限合伙人需要就分配到的盈利來納稅，而無法用一個的虧損抵減另一個的盈利。更有甚者，如果同一有限合伙人投資了兩個私募基金，兩個都是盈利的，該有限合伙人需要匯總從兩處取得的應納稅所得額，據此確定適用稅率并計算應納稅款。
個人合伙人
根據91號文的規(guī)定，對于有限合伙制私募基金的個人合伙人而言，無論是居民個人，還是非居民個人，無論是普通合伙人，還是有限合伙人，所分配到的生產經營所得，均比照個人所得稅法的“個體工商戶的生產經營所得”應稅項目，適用5%到35%的超額累進稅率，來計算征收個人所得稅。需要指出的是，個人合伙人在計算應納稅所得額時，可以減去標準費用扣除每年42000元。按照個體工商戶來繳納個人所得稅，顯然比按照個人的工薪所得(3%到45%的超額累進稅率)來得優(yōu)惠，但是一般比按照財產轉讓所得或者偶然所得(20%的統一稅率)更為不利。換句話說，如果個人可以直接從事股權投資，那么資本利得作為財產轉讓所得需要繳納20%的個人所得稅，而通過私募基金來從事股權投資，那么資本利得的所得性質會在傳遞中發(fā)生變化，并且成為合伙企業(yè)最終分配到個人的生產經營所得，減去標準費用扣除之后，就需要適用5%到35%的超額累進稅率，在最終經濟回報上反而可能是不利的。
居民企業(yè)合伙人
根據159號文的規(guī)定，有限合伙制私募基金的居民企業(yè)合伙人所分配到的生產經營所得，一般適用25%的企業(yè)所得稅率。根據《企業(yè)所得稅法》第26條規(guī)定，符合條件的居民企業(yè)之間的股息為免稅收入。實踐中有一個問題是，如果私募基金在中國境內進行股權投資，從被投資企業(yè)取得的股息經由私募基金分配給居民企業(yè)合伙人是否也享受免稅待遇。一方面講，私募基金作為有限合伙企業(yè)并非《企業(yè)所得稅法》意義上的居民企業(yè)。另一方面講，股息的所得性質應該可以從私募基金傳遞給居民企業(yè)合伙人。需要指出的是，北京京金融辦[2009]5號文指出，合伙制股權基金從被投資企業(yè)獲得的股息，屬于已繳納企業(yè)所得稅的稅后收益，該收益可按照合伙協議約定直接分配給企業(yè)合伙人，這一規(guī)定似乎在說明居民企業(yè)合伙人可以繼續(xù)享受免稅待遇。
非居民企業(yè)合伙人
非居民企業(yè)合伙人既包括法人企業(yè)，也包括合伙企業(yè)。對于非居民企業(yè)合伙人來說，中國稅務處理將會取決于若干個因素。其一，私募基金分配的所得性質是否傳遞給非居民企業(yè)合伙人。所得內容可以包括利息、股息、租金、特許權使用費、資本利得等等。假定利息和股息的所得性質可以從私募基金傳遞給非居民企業(yè)合伙人，那么租金、特許權使用費、資本利得的所得性質是否也可以傳遞呢?這些問題目前并沒有一個明確的答案。非居民企業(yè)合伙人分配到的所得性質將會引發(fā)適用相關雙邊稅收協定的問題，包括預提所得稅率、實體要求、程序要求等等。
其二，通過私募基金在中國進行投資，非居民企業(yè)合伙人是否因此在中國境內設立了常設機構或者機構場所。從企業(yè)所得稅的角度來看，與居民企業(yè)的處理相同，常設機構的利潤按照25%的企業(yè)所得稅率納稅。如果非居民企業(yè)合伙人取得所得的相關營業(yè)活動是通過常設機構進行，而且取得所得的財產權利與常設機構有實際聯系，那么無論是利息、股息、租金、特許權使用費、還是資本利得，這些所得均將構成常設機構的利潤。
問題在于，非居民企業(yè)合伙人是否被視為設立了常設機構，并沒有一個明確的判斷規(guī)則。根據國稅發(fā)[2003]61號(以下簡稱“61號文”)(適用于外商投資創(chuàng)業(yè)投資企業(yè)，而非直接針對有限合伙企業(yè))的規(guī)定，非法人創(chuàng)投企業(yè)沒有設立創(chuàng)投經營管理機構，不直接從事創(chuàng)業(yè)投資管理、咨詢等業(yè)務，而是將其日常投資經營權授予一家創(chuàng)業(yè)投資管理企業(yè)或另一家創(chuàng)投企業(yè)進行管理運作的，對此類創(chuàng)投企業(yè)的外方，可按在我國境內沒有設立機構、場所的外國企業(yè)，申報繳納企業(yè)所得稅。61號文似乎在寓意著，對于非居民企業(yè)有限合伙人與非居民企業(yè)普通合伙人，在常設機構的認定問題上，是有區(qū)別的。對于前者，可能不被視為構成了常設機構;對于后者，通常將被視為設立了常設機構。無論如何，61號文無法直接覆蓋有限合伙企業(yè)。當然，對于非居民企業(yè)合伙人來說，常設機構的存在并不必然導致更高的稅負，需要具體問題具體分析。
附--中國部分地方性PE稅收政策：
北京
執(zhí)行合伙事務的合伙人與有限合伙人都執(zhí)行20%的個人所得稅。
天津
自然人GP和LP都執(zhí)行20%的個稅。對自然人合伙人個人所得稅超過20%部分的開發(fā)區(qū)留成部分給予100%的補貼。
上海
自然人GP所得額在5萬元以上的征收35%的個稅，LP所取得的股權投資收益，繳納20%的個稅。
重慶
自然人GP適用5%-35%的五級超額累進稅率，LP按20%繳納個稅;公司制按西部大開發(fā)政策執(zhí)行15%的企業(yè)所得稅稅率。
深圳
自然人GP按照5%-35%五級超額累進稅率計征個稅，LP按20%的比例計征個稅。
