瑕疵股權(quán)中的瑕疵，可能是指股權(quán)本身的瑕疵。這里面存在立法不周延的地方。以股權(quán)質(zhì)押為例。上市公司股票和辦理托管登記的股份公司的股票，如果辦理質(zhì)押，登記機關是中登公司或者托管中心。有限責任公司股權(quán)以及未上市未辦理托管登記的股份有限公司的股份，質(zhì)押登記由工商部門負責。這里就出現(xiàn)了問題：如果未上市也沒有辦理托管的股份公司的股份進行轉(zhuǎn)讓，根據(jù)《公司法》的規(guī)定，公司無記名股票只要交付就發(fā)生了股權(quán)轉(zhuǎn)讓的效果。有限公司股權(quán)是否存在質(zhì)押的情況，還可以通過查閱工商檔案看出。而且，所有有限責任公司的股東均需要記載在公司章程上。

但股份公司就不一樣，公司章程中只需要登記發(fā)起人。在工商部門辦理股權(quán)質(zhì)押的時候，登記機關只需要股票的復印件就可以辦理質(zhì)押登記。但這時，如果股份公司既未上市也未辦理股票托管，轉(zhuǎn)讓股權(quán)的人又僅僅是普通股東（不是發(fā)起人，也未在工商機關進行登記），他的股權(quán)恰好又辦理了質(zhì)押登記。對于這樣的股票交付而形成的股權(quán)轉(zhuǎn)讓，就涉及到保護善意的股權(quán)受讓人還是保護質(zhì)權(quán)人的問題。這個問題確實是一個問題，至少法律上沒法找出明確的答案。

另一種情況，瑕疵股權(quán)轉(zhuǎn)讓的瑕疵股權(quán)是指股權(quán)出資存在瑕疵。這種情況下，股權(quán)受讓人可以基于欺詐要求撤銷股權(quán)轉(zhuǎn)讓合同。如果已經(jīng)喪失了撤銷權(quán)，股權(quán)轉(zhuǎn)讓協(xié)議在雙方就發(fā)生了效力。特別是在公司內(nèi)部進行的股權(quán)轉(zhuǎn)讓，瑕疵股權(quán)并非不可轉(zhuǎn)讓的標的。對于瑕疵股權(quán)，如果受讓人明確知道瑕疵或者可推定其知道瑕疵，這種股權(quán)轉(zhuǎn)讓是有效的。對于瑕疵股權(quán)轉(zhuǎn)讓人，公司仍可基于出資關系追究其出資瑕疵的責任，這種資本充實責任不受訴訟時效限制。