1、組織機構(gòu)問題
公司的組織機構(gòu)為股東會、董事會（執(zhí)行董事）、監(jiān)事會（監(jiān)事）、經(jīng)理。很多投資者特別是剛剛開始下海創(chuàng)業(yè)的專業(yè)技術人員對股東會、董事會、監(jiān)事會、經(jīng)理這些組織機構(gòu)的定位和功能認識比較模糊，由此也造成股權(quán)糾紛、公司治理糾紛的多發(fā)。
必須明確，股東會、董事會、經(jīng)理這是三個獨立的管理機構(gòu)（監(jiān)事會屬于監(jiān)督機構(gòu)）。股東無論大小首先是股東會的成員，這是毫無疑義的。股東會選舉董事形成董事會對公司進行經(jīng)營管理，董事不一定是股東，這時股東會與董事會就分離開了，各司其職，不能代替。董事會又聘了總經(jīng)理來管理公司的日常工作，總經(jīng)理對董事會負責，而不是對股東負責。由此可見，股東投資以后，有可能根本不是董事，更不是總經(jīng)理，股東與公司之間的關系僅僅是股權(quán)關系，與公司聯(lián)系的途徑僅僅是股東會。還有一種可能是，股東投資公司以后，即是公司的董事甚至董事長，又是公司的總經(jīng)理，公司的大小事務都在其一人完全的控制之下。很多小公司都屬于這種情況。此時如果公司是一人公司，或者是實質(zhì)上的一人公司，可能出現(xiàn)的糾紛還少些，如果股東并非一人，還有其他小股東，股東之間以及股東與公司之間可能就會產(chǎn)生各種各樣的問題，這就是所謂的“公司訴訟”糾紛。要解決這些問題，一方面要依法辦事，公司的經(jīng)營管理應該符合公司法、工商管理法規(guī)、稅法等要求，另一方面，需要投資人也要對公司法及公司運作有個清楚、合理的認識。股東會作為有限責任公司的權(quán)力機關，行使下列職權(quán)：(1)決定公司的經(jīng)營方針和投資計劃；(2)選舉和更換非由職工代表擔任的董事、監(jiān)事，決定有關董事的報酬事項；(3)審議批準董事會的報告；(4)審議批準監(jiān)事會或者監(jiān)事的報告；(5)審議批準公司的年度財務預算方案、決算方案；(6)審議批準公司的利潤分配方案和彌補虧損方案；(7)對公司增加或者減少注冊資本作出決議；(8)對發(fā)行公司債券作出決議；(9)對公司合并、分立、解散、清算或變更公司形式作出決議；(10)修改公司章程；(11)公司章程規(guī)定的其他職權(quán)。

有限責任公司股東會可依職權(quán)對所議事項作出決議。一般情況下，股東會會議作出決議時，采取“資本多數(shù)決”原則，即由股東按照出資比例行使表決權(quán)。但公司章程可以對股東會決議的作出方式另行予以規(guī)定，而不按出資比例行使表決權(quán)。

2、經(jīng)營場所問題
公司必須有個注冊和經(jīng)營的場所。有些投資者隨便找個能注冊的地址作為公司登記的地址，實際上在另一個地址經(jīng)營，在工商管理上稱作“異地經(jīng)營”，會受到工商管理機關的處罰。有的公司實際并沒有具體的經(jīng)營場所，這種投資人實際上也不是真正地把公司作為事業(yè)來做，自然另當別論了。