根據(jù)規(guī)定,對從事國際貨運代理業(yè)務的納稅人，其在開具發(fā)票時，必須按照運費及其他收費項目分別逐項列明開具，對在發(fā)票上列明的運費收費項目，計繳營業(yè)稅時按照其與境外運輸公司等運輸單位結算的合法有效憑證予以扣除，按照扣除后的余額依“服務業(yè)”稅目中的“代理業(yè)”項目繳納營業(yè)稅；對沒有在發(fā)票上列明運費收費項目的，全額按照“服務業(yè)”稅目中的“代理業(yè)”項目繳納營業(yè)稅。此外，根據(jù)國際貨運代理業(yè)務的特殊性，對國際貨運代理企業(yè)將其承接的貨運代理業(yè)務轉讓給另一家國際貨運代理公司的，可就其向委托方收取的全部價款和價外費用扣除其將該貨運代理業(yè)務轉讓給其他貨代公司而取得的《國際貨物運輸代理業(yè)專用發(fā)票》上列明的運費項目后的余額，按“服務業(yè)”稅目中的“代理業(yè)”項目繳納營業(yè)稅。根據(jù)財政部、國家稅務總局《關于營業(yè)稅若干政策問題的通知》【財稅[2003]16號】的規(guī)定，涉及營業(yè)額減除項目的憑證，應是稅務發(fā)票、財政部門收據(jù)或其它合法有效憑證。對支付給境外的減除項目付款憑證，應以外匯付匯憑證為主，外方公司的簽收單據(jù)或出具的公證證明作為外匯付匯憑證的輔助補充資料。從營業(yè)額中減除部分金額計算納稅金額的納稅人應當在其成本、費用賬簿中單獨核算“營業(yè)額減除項目”金額，并在營業(yè)收入完稅時按規(guī)定結轉“營業(yè)額減除項目”金額。