根據(jù)規(guī)定,對從事國際貨運(yùn)代理業(yè)務(wù)的納稅人，其在開具發(fā)票時(shí)，必須按照運(yùn)費(fèi)及其他收費(fèi)項(xiàng)目分別逐項(xiàng)列明開具，對在發(fā)票上列明的運(yùn)費(fèi)收費(fèi)項(xiàng)目，計(jì)繳營業(yè)稅時(shí)按照其與境外運(yùn)輸公司等運(yùn)輸單位結(jié)算的合法有效憑證予以扣除，按照扣除后的余額依“服務(wù)業(yè)”稅目中的“代理業(yè)”項(xiàng)目繳納營業(yè)稅；對沒有在發(fā)票上列明運(yùn)費(fèi)收費(fèi)項(xiàng)目的，全額按照“服務(wù)業(yè)”稅目中的“代理業(yè)”項(xiàng)目繳納營業(yè)稅。此外，根據(jù)國際貨運(yùn)代理業(yè)務(wù)的特殊性，對國際貨運(yùn)代理企業(yè)將其承接的貨運(yùn)代理業(yè)務(wù)轉(zhuǎn)讓給另一家國際貨運(yùn)代理公司的，可就其向委托方收取的全部價(jià)款和價(jià)外費(fèi)用扣除其將該貨運(yùn)代理業(yè)務(wù)轉(zhuǎn)讓給其他貨代公司而取得的《國際貨物運(yùn)輸代理業(yè)專用發(fā)票》上列明的運(yùn)費(fèi)項(xiàng)目后的余額，按“服務(wù)業(yè)”稅目中的“代理業(yè)”項(xiàng)目繳納營業(yè)稅。根據(jù)財(cái)政部、國家稅務(wù)總局《關(guān)于營業(yè)稅若干政策問題的通知》【財(cái)稅[2003]16號】的規(guī)定，涉及營業(yè)額減除項(xiàng)目的憑證，應(yīng)是稅務(wù)發(fā)票、財(cái)政部門收據(jù)或其它合法有效憑證。對支付給境外的減除項(xiàng)目付款憑證，應(yīng)以外匯付匯憑證為主，外方公司的簽收單據(jù)或出具的公證證明作為外匯付匯憑證的輔助補(bǔ)充資料。從營業(yè)額中減除部分金額計(jì)算納稅金額的納稅人應(yīng)當(dāng)在其成本、費(fèi)用賬簿中單獨(dú)核算“營業(yè)額減除項(xiàng)目”金額，并在營業(yè)收入完稅時(shí)按規(guī)定結(jié)轉(zhuǎn)“營業(yè)額減除項(xiàng)目”金額。